Μετά από την καταστροφή του τουρκοαιγυπτιακού στόλου στο Ναυαρίνο στις 20 Οκτωβρίου 1827, η κατάσταση στο ελληνικό στρατόπεδο παρέμενε τραγική, καθώς δεν υπήρχαν ούτε τρόφιμα ούτε χρήματα όχι μόνο για να κινηθούν τα στρατεύματα, αλλά ούτε καν για να τραφεί ο πληθυσμός που πλέον λιμοκτονούσε.
Η ελληνική επικράτεια είχε συρρικνωθεί στο Άργος, το Ναύπλιο, τη Μάνη, τις Σπέτσες και τα Ψαρά. Η παραγωγική βάση όλων των επαναστατημένων χωρών είχε σχεδόν εκμηδενιστεί και οι Έλληνες φυτοζωούσαν χάρις τα εμβάσματα που έφταναν αφειδώς από τα φιλελληνικά κομιτάτα της Ευρώπης.
Ο Ιμπραήμ ίσως είχε καταστεί ακίνδυνος, αλλά παρέμενε ενεργός και συνέχιζε το καταστροφικό του έργο στην Πελοπόννησο στο μέτρο των δυνάμεών του. Ο επταετής Επαναστατικός Αγώνας είχε αυξήσει δραματικά τις χήρες, τα ορφανά και τους ανάπηρους που είχαν ανάγκη άμεσης βοήθειας και κρατικής μέριμνας, ενώ το εμπόριο των ναυτικών νησιών είχε εκμηδενιστεί και πολλοί πλοιοκτήτες είχαν στραφεί ανοικτά στην πειρατεία.
Υπό αυτές τις συνθήκες, η έλευση του Καποδίστρια στις 8 Ιανουαρίου 1828 στο Ναύπλιο αντιμετωπίστηκε από όλους ανεξαιρέτως τους Έλληνες , ως σωτήριο γεγονός, καθώς πλέον η κατάσταση είχε αποβεί δραματική.
Σύντομα ο Καποδίστριας είχε καταφέρει να θεμελιώσει εκ του μηδενός λίγους βασικούς θεσμούς της νέας ελληνικής πολιτείας. Ωστόσο, το ανορθωτικό έργο του κυβερνήτη διακινδύνευσε προσωρινά από την αιφνιδιαστική επιδημία πανώλης που έπληξε πολλά σημεία των χωρών που είχαν ελευθερωθεί ως τότε.
Η επιδημία πανώλης ενέσκηψε αρχικά στην Ύδρα τον Απρίλιο του 1828 από το πλήρωμα του υδραϊκού πλοίου «Αφροδίτη», σε ένα ταξίδι μεταφοράς αιχμαλώτων από την Αίγυπτο στη Μεθώνη. Τα μέλη του πληρώματος προσβλήθηκαν από την πανώλη που θέριζε τον πληθυσμό της Αιγύπτου και οι περισσότεροι πέθαναν. Αρχικά από τη Μεθώνη η πανώλη διαδόθηκε στα στρατεύματα του Ιμπραήμ, με αποτέλεσμα μετά τα μέσα Απριλίου να πεθαίνουν 20 με 30 στρατιώτες την ημέρα, ενώ ο ίδιος ο Ιμπραήμ αναγκάστηκε να περιοριστεί σε ένα πλοίο του ώστε να μην προσβληθεί ο ίδιος.
Με την επιδημία να εξαπλώνεται ραγδαία και σε άλλα νησιά και περιοχές της ηπειρωτικής Ελλάδας, ο Καποδίστριας επιφόρτισε τον διάσημο Ελβετό γιατρό Andre-Louis Gosse με την αρμοδιότητα να λάβει όλα τα απαραίτητα μέτρα για τον περιορισμό της.
Ο Gosse αφού μελέτησε τα κρούσματα και κατέληξε στην μορφή της επιδημίας, διέταξε την έξοδο των αρρώστων από τα σπίτια και την τοποθέτηση τους κάτω από την σκιά φυλλωμάτων σε απόσταση έξι μέτρων του ενός από τον άλλο. Παράλληλα χρησιμοποίησε την ιατρική τεχνική της «καυτηρίασης των οιδημάτων» που εμπόδισε την εξάπλωση της επιδημίας, όρισε λοιμοκαθαρτήρια, επέβαλλε την καύση των ρούχων των νεκρών, όπως και τη ματαίωση των εκκλησιασμών.
Με κίνδυνο της ζωής του πήγε
σε όλες τις πανωλόπληκτες περιοχές
Τα περιοριστικά μέτρα συντέλεσαν στην καταπολέμηση της επιδημίας. Επίσης η κυβέρνηση μερίμνησε ώστε να αγοραστούν από τη Βενετία τα αναγκαία φάρμακα και να μεταφερθούν στον Πόρο, που ήταν μια από τις πλέον πληγείσες περιοχές, υπό την ευθύνη του Τομπάζη.
Με ένα επιτελείο από βοηθούς που του είχε διατεθεί, ο Gosse ταξίδευε με αυτοθυσία σε όλες τις πανωλόπληκτες περιοχές (κυρίως τον Πόρο, την Αίγινα και τα Μέγαρα) προσπαθώντας να καταπολεμήσει την αρρώστια. Δυστυχώς όμως στην προσπάθεια του αυτή και υπό αντίξοες καιρικές συνθήκες και υψηλές θερμοκρασίες προσβλήθηκε ο ίδιος από κακοήθη πυρετό τον Αύγουστο του 1828. Και ενώ αρχικά πίστεψε πως δεν είναι κάτι σοβαρό, η κατάσταση του επιδεινώθηκε απότομα και ο Gosse κινδύνεψε να χάσει την ζωή του. Σώθηκε κυριολεκτικά την τελευταία στιγμή καθώς η αρρώστια υποχώρησε με την χρήση κινίνου και την παραμονή του σε ένα απομονωμένο μοναστήρι στον Πόρο.
Η δραματική επανεμφάνιση
με δεκάδες νεκρούς στο Βραχνί
Η επιδημία υποχώρησε αισθητά τους καλοκαιρινούς μήνες, στις 22 Ιουλίου με επιστολή του στον Εϋνάρδο, ο Καποδίστριας ανήγγειλε ότι είχε σχεδόν εξαλειφθεί η επιδημία, ενώ τον Σεπτέμβριο δεν εμφανίστηκαν καθόλου νέα κρούσματα.
Αυτό οδήγησε τις Αρχές και τους πολίτες να ελαττώσουν την επαγρύπνηση τους με αποτέλεσμα, τον Οκτώβριο του 1828, τη δραματική επανεμφάνιση της επιδημίας στα Καλάβρυτα και στα χωριά της ευρύτερης περιοχής.
Η πιο σοβαρή αμέλεια των κατοίκων ήταν ότι δεν τηρούσαν τους αυστηρούς κανόνες υγιεινής καθώς και την ειδική διαδικασία καθαρισμού των ρούχων τους. Η επιδημία μεταδόθηκε από το Διακοπτό και στο χωριό Βραχνί, όπου από τους 700 κατοίκους πέθαναν 53 άτομα, ενώ στα Καλάβρυτα πέθαναν 15 από τους 1000 κατοίκους
Ο έκτακτος απεσταλμένος της κυβέρνησης Γεώργιος Μαυρομάτης επισκέφθηκε το Βραχνί και επιτίμησε τους κατοίκους για την αμέλειά τους στην αντιμετώπιση της επιδημίας, θέτοντας το χωριό τους σε καραντίνα.
Στη συνέχεια πήγε στα Καλάβρυτα, όπου συγκρότησε τέσσερα ολιγομελή στρατιωτικά σώματα με αποστολή να περιφρουρήσουν όλες τις επαρχίες των Καλαβρύτων με σκοπό τον άμεσο περιορισμό όλων των πιθανών αρρώστων στα σπίτια τους.
Ο Γάλλος συνταγματάρχης Schneider κατέβαλλε 1000 φράγκα ώστε να προμηθεύσει με νέα ρούχα τους κατοίκους της περιοχής. Χάρις τις συντονισμένες προσπάθειες όλων των αξιωματούχων της κυβέρνησης στην περιοχή, η επιδημία δεν διαδόθηκε στην υπόλοιπη Πελοπόννησο αλλά καταπολεμήθηκε και στις περιοχές που είχε κάνει την επανεμφάνισή της.
